"Biyoenformatiğe Giriş ve Pratik Biyoenformatik Araçlarına Giriş" adlı projemiz sonuçlandı, toplam 29 kişiye sertifika verildi.
PROJENİN AMACI:
Bu eğitim projesinin amacı, Siirt Üniversitesi’nin özellikle ziraat, biyoloji, veterinerlik vb bölümler olmak üzere öğretim üyeleri, araştırma görevlisi ve yüksek lisans öğrencilerine biyoenformatik konusunda bilgi vermek ve araştırmalarında kullanabilecekleri biyoenformatik programlarını öğretmektir. Bu kapsamda, program iki modül halinde planlanmıştır. Birinci modülde biyoenformatik kavram ve araçlarının tanıtılarak uygulamalarının gösterilmesi; ikinci modülde de katılımcı ihtiyaçlarına göre pratik biyoenformatik araçlarının uygulamalarının yapılması amaçlanmıştır.
Kurs Müfredatı:
Ø Biyoteknolojinin tarihçesi ve gelişimi.
Ø Veri üretilen temel deney yöntemleri,genomiks, proteomiks, metabolomiks kavramları.
Ø Veri tabanı nedir? Sıklıkla kullanılan veritabanlarında uygulamalar (Ensembl http://www.ensembl.org/ , (NCBI NCBIhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
Ø Proteomiksveritabanları (Interprohttps://www.ebi.ac.uk/interpro/ Uniprot http://www.uniprot.org/), Yolak analizveritabanları (KEGG, Reactome, BioCyc, BioCarta, EXPASY, PathwayCommons)
Ø Network (Ağ) Analizleri: Biyolojik ağlaragiriş, transkripsiyon düzenleme ağları ve metabolik ağ veritabanları (EcoCyc,GeneNet, KEGG, RegulonDB, Reactom, TRANSPATH, TRANSFAC, GeneDB, BioCyc, EcoCyc,MetaCyc) , protein yapı veritabanları (PDB - Protein Data Bank),protein-protein etkileşim (PPI) ağları (BioGRID, MIPS, DIP, MINT), ağ tahminarama motorları (GENMANIA, DAVID, GeneMAP, GenomatrixBibliphere, Webgestalt)
Ø Yüksek Çıktılı Teknolojilere Giriş: Mikrodizi(microarray), DNA dizileme (Sekans) ve Yeni Nesil Dizileme Analizleri,mikrodizi veri bankaları ve tasarımı, sekanslama platformları (454 Sequencing,Illumina, IonTorrent, Helicos, PacBio RS vb) ve yeni nesil dizileme kullanım alanları (ekzom, tüm genom, tekrar dizileme yeni dizileme)
Ø Biyolojik anlamlandırma ve görüntüleme: Genseti analizi (NCBI, ENSEMBL, UCSC ve özelleştirilmiş biyoenformatik araçlarıGO, Biomart, DAVID vb kullanarak gen seti tahmini ve gen anotasyonları), sınıftahmini, kümeleme (Clustering) analizleri (hiyerarşik kümeleme,Self-OrganizingMaps (SOM’s) K-meansvb)
Ø Veri Setlerinin İstatistiksel Analizleri ve Uygulaması: Hayvan ve bitki makalelerinden yola çıkarak excel üzerinden verilerin işlenmesi ve istatistiksel modellerle yorumlanması.
Ø Ağ görüntüleme aracı: Cytoscape
Ø Primer tasarımı: Primer3 ve NCBI Primer BLAST, BLAST, BLAT nasıl yapılır?
Ø Veri Tabanlarına Veri Girişi: DNA dizisi değerlendirme ve NCBI veri tabanına veri girme
Ø DNA-Protein dizileri nasıl işlenir?
Ø Kümeleme programları (örn CLUSTALW)
Ø Filogenetik Analiz ve Popülasyon Genetiğine Giriş: Temel kavramlar, sekans bilgilerinden ve genetik moleküler etiketlerle filogenetik analizi